La demo sobre SNOMED y el Vademécum
Resumen · síntesis de Ariadna 🧵
- La demo de 2018 presenta SNOMED + el Vademécum + ~100 tipos de relación como un solo grafo.
- Sobre ese grafo se responden preguntas clínicas con consultas Cypher (lenguaje de grafos).
- Ejemplos: qué es una molécula, qué agentes comparten un uso, y si dos fármacos cruzan una alergia.
La demo abría con el logotipo NLP Research y el título del proyecto:
YYYYY's BRAIN · SNOMED + VADEMECUM + 100 Tipos de relaciones
La idea es tratar todo el conocimiento médico —conceptos clínicos de SNOMED y medicamentos del Vademécum— como un único grafo de nodos y relaciones. Visto entero, el grafo parece un cerebro: un núcleo del que salen racimos de conceptos.
Las preguntas de la demo
La gracia del grafo es que se pregunta con recorridos. La demo enseñaba tres preguntas y la consulta de grafo (Cypher) que las resuelve.
1 · ¿Qué es una molécula?
¿Qué es el monofluorofosfato de sodio? Es un agente para profilaxis de las caries.
MATCH p = (a)-[r:Superclass]->(b) WHERE a.name = "MONOFLUOROFOSFATO DE SODIO" RETURN p LIMIT 1Se sube por la relación Superclass desde la molécula hasta su clase.
2 · ¿Qué comparte una clase?
¿Qué tipos de agentes para la profilaxis de las caries hay? Fluoruro de sodio, fluoruro de estaño, olaflur y monofluorofosfato de sodio.
MATCH p = (a)-[r:Superclass]->(b) WHERE b.name = "AGENTES PARA LA PROFILAXIS DE LAS CARIES" RETURN p LIMIT 50Ahora se baja: todo lo que tiene esa clase como Superclass.
3 · ¿Dos fármacos cruzan una alergia?
¿Un paciente con alergia a la cefalosporina puede tomar amoxicilina? No.
MATCH p=(a:Molecule)-[r:Molecule_allergy]->()-[r2:Allergy_cross]->()-->() RETURN p LIMIT 2La respuesta no está escrita en ninguna tabla: emerge del grafo. Desde la molécula se sigue Molecule_allergy hasta una clase de alergia y de ahí Allergy_cross a las clases con las que cruza; si el otro fármaco cae en una de ellas, hay riesgo.
Fuente: anexos del pitch de Elaizii (2018), páginas 1-13.