Las ontologías (SNOMED, ATC y CIM-10)
Resumen · síntesis de Ariadna 🧵
- El grafo apila varias jerarquías donde cada concepto cuelga de otro más general por la relación
Superclass.- Se usan tres ontologías: la de sustancias/productos (hacia la clasificación ATC), la de enfermedades infecciosas y la CIM-10 de causas externas.
- Subir por
Superclasslleva de una molécula concreta hasta la raíz de su clasificación.
Lo que convierte un montón de nodos en un grafo con sentido son las ontologías: las jerarquías donde cada concepto cuelga de otro más general. En el grafo eso es la relación Superclass (un nodo apunta a su clase padre), que se puede recorrer en cadena:
MATCH p = (a)-[r:Superclass]->(b)-[*1..10]->(c) RETURN p LIMIT 10
1 · La clasificación ATC (sustancias y productos)
La ontología de fármacos termina en la clasificación ATC (Anatómica, Terapéutica, Química). Desde una molécula se sube: MONOFLUOROFOSFATO DE SODIO → AGENTES PARA LA PROFILAXIS DE LAS CARIES → PREPARADOS ESTOMATOLÓGICOS → TRACTO ALIMENTARIO Y METABOLISMO → ATC Classification.
La raíz ATC Classification abre en los grandes grupos anatómicos: Tracto alimentario y metabolismo, Sangre y órganos hematopoyéticos, Sistema cardiovascular, Dermatológicos, Sistema genitourinario, Antiinfecciosos, Antineoplásicos, Sistema musculoesquelético, Sistema nervioso, Antiparasitarios, Sistema respiratorio, Órganos de los sentidos y Varios.
2 · Enfermedades infecciosas
La ontología de enfermedades agrupa por familias. Por ejemplo, bajo Enfermedad infecciosa intestinal cuelgan Shigelosis (con sus subtipos por especie de Shigella), Cólera (por serotipo de Vibrio cholerae), las fiebres tifoidea y paratifoidea y las infecciones debidas a Salmonella, todas encadenadas por Superclass.
3 · La CIM-10 de causas externas
La tercera ontología es la CIM-10 (Clasificación Internacional de Enfermedades, 10.ª revisión). En la demo aparece la rama de causas externas de traumatismos, que se abre en dos ejes:
- Por causa: accidentes de transporte (V01-V99, con su desglose por tipo de vehículo), caídas (W00-W19), exposición a fuerzas mecánicas, ahogamiento, exposición al humo, fuego y llamas (X00-X09), envenenamiento, etc.
- Por lugar de ocurrencia: vivienda, institución residencial, escuelas, otro lugar especificado…, y dentro de cada uno la actividad que se realizaba.
Los nodos NULL que aparecen en algunos árboles son niveles intermedios sin etiqueta en los datos de 2018.
Fuente: anexos del pitch de Elaizii (2018), páginas 14-15 y 47-54.